矛盾冲突加剧
1976年，布隆迪武装部队副总参谋长让·巴蒂斯特·巴加扎中校发动军事政变，推翻了米孔贝罗政权，成立第二共和国，巴加扎任总统兼武装部队最高统帅，后又任全国惟一的政党——布隆迪民族统一进步党主席。巴加扎上台后，曾实行民族和解政策，但后来他的一些做法偏离了方向，使部族矛盾加剧，后又出现新的宗教纠纷。
布隆迪天主教的势力很大，全国60％的居民信奉天主教。天主教会经常干预政治和社会事务。巴加扎总统强调政教分离，限制教会的活动，驱逐外国教士。1936年9月，巴加扎指责教会“对教育系统的控制”形成了“国中之国”，命令关闭教会办的乡村小学，使大批儿童和少年失学。1987年6月4日，巴加扎又下令禁止天主教徒在周末做礼拜，引起广大教徒的不满。
巴加扎打击教会的做法，在西方国家也引起强烈的反应，致使布隆迪与西方国家的关系日趋紧张，在经济上遭到报复。巴加扎推行“小商业布隆迪化”，盲目排斥外商，导致物资短缺，市场萧条。布隆迪是一个资源贫乏的国家，以农牧业为主，国家的经济是咖啡生产。随着国际市场咖啡价格的下跌，使布隆迪的经济进一步遇到困难。